Geen bewezen effectieve therapie in afwezigheid van immuun herstel.  Primare behandeling is herstel van immuniteit.

2e en 3e keuze opties zijn behandelingen waarvan effectiviteit omstreden is (mogelijk tijdelijke reductie van parasieten concentratie zonder eradicatie).

Bij ernstige klachten kan agressieve orale en iv ondersteunende therapie (rehydratie/electroliet suppletie)  nodig zijn, in combinatie met anti-diarree middelen (opium tinctuur lijkt het meest effectief).

Een protease-inhibitor (PI) gebaseerd cART regime valt te overwegen aangezien in vivo data laat zien dat PI Cryptosporidium replicatie remt (Mele et al. Int J Parasitol. 2003;33:757-64).